สมัยกรุงศรีอยุธยา

เมืองนครพนม ตามหลักฐานทางประวัติศาสตร์ พอจะรวบรวมได้ความว่า เป็นเมืองสืบเนื่องมาจากนครอาณาจักรโคตรบูรณ์ ซึ่งเดิมตั้งอยู่ฝั่งซ้ายแม่น้ำโขง และได้ย้ายมาตั้งอยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำโขง ในราวรัชกาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช

อาณาจักรโคตรบูรณ์ เป็นแคว้นหนึ่งในลุ่มแม่น้ำโขง ซึ่งในสมัยนั้น มีแคว้นต่าง ๆ ตั้งอยู่ลุ่มฝั่งแม่น้ำโขงหลายแคว้น เช่น แคว้นสิบสองจุไทย แคว้นลานช้าง แคว้นเวียงจันทน์ แคว้นโคตรบูรณ์ แคว้นจำปาศักดิ์ เป็นต้น แต่ละแคว้นมีเจ้านครเป็นผู้ปกครอง

ส่วนตำนานของเมืองโคตรบูรณ์นั้น จากหลักฐานในพงศาวดารเหนือ คำให้การของชาวกรุงเก่าพงศาวดารเขมรและเรื่องราวทางอีสาน เขียนเป็นข้อความพาดพิงคล้ายคลึงกันเป็นนิทานปรัมปรา สรุปได้ความว่า พระยาโคตรบองมีฤทธิ์ใช้กระบองขว้างพระยาแกรกผู้มีบุญซึ่งขี่ม้าเหาะมา ขว้างไม่ถูกจึงหนีไปได้ธิดาพระเจ้าลานช้าง บางฉบับก็ว่า พระยาโคตรบองมาจากลพบุรีบ้าง มาจาก   เวียงจันทน์ มาจากเมืองระแทงบ้าง มาจากเมืองสวรรคบุรีบ้าง แต่ในฉบับคำให้การของชาวกรุงเก่ากล่าวว่า พระยาโคตรบองเป็นโอรสพระร่วง หนีมาจากกรุงสุโขทัย ได้มาครองเมืองลานช้าง ซึ่งสันนิษฐานว่าคงจะได้กับธิดาพระเจ้าเวียงจันทน์ แล้วพระราชบิดาจึงให้มาครองเมืองโคตรบูรณ์ เป็นเมืองลูกหลวงขึ้นแก่นครลานช้าง

แต่ฉบับเขียนไว้ทางภาคอีสานว่า ครั้งหนึ่งพระเจ้ากรุงศรีสัตนาคนหุต มีพระราชประสงค์จะให้ราชบุตรองค์หนึ่งพระนามว่า เจ้าโคตะ (คงเป็นราชบุตรเขย) ครองเมือง จึงได้สร้างเมือง ๆ หนึ่งที่ปากน้ำหินบูรณ์ (ตรงข้ามอำเภอท่าอุเทนในปัจจุบัน) ให้ชื่อเมืองศรีโคตรบูรณ์เป็นเมืองลูกหลวงขึ้น เมืองเวียงจันทน์ตั้งให้เจ้าโคตะเป็นพระยาศรีโคตรบูรณ์ สืบเป็นเจ้าครองนครมาได้หลายพระองค์ จนถึงพระองค์ที่มีฤทธิ์ด้วยกระบอง จึงได้พระนามว่า พระยาศรีโคตรบอง และได้ย้ายเมืองมาตั้งที่ป่าไม้รวก ห้วยศรีมังริมแม่น้ำโขงฝั่งซ้าย (คือเมืองเก่าใต้เมืองท่าแขกในปัจจุบันนี้) เมื่อพระยาศรีโคตรบองถึงแก่อนิจกรรม เจ้าสุบินราช โอรสพระยาศรีโคตรบอง ครอบครองนครสืบแทนพระนามว่า พระยาสุมิตร ธรรมราช เมื่อถึงแก่อนิจกรรม เจ้าโพธิสารราชโอรสครองนครสืบแทน อำมาตย์ได้ผลัดเปลี่ยนกันรักษาเมือง

จนถึง พ.ศ. ๒๒๘๖ เจ้าเมืองระแทงให้โอรส ๒ พระองค์ เสี่ยงบ้องไฟองค์ละกระบอก ถ้าบ้องไฟของใครไปตกที่ใดจะสร้างเมืองให้ครอง บ้องไฟโอรสองค์ใหญ่ไม่ติด จึงได้ครองเมืองระแทงแทน บ้องไฟองค์เล็กตกที่ห้วยขวาง (เวลานี้เรียกว่าเซบ้องไฟ) ใกล้เมืองสร้างก่อและดงเชียงซอน จึงดำรัสสร้างเมืองที่นั่น แต่อำมาตย์คัดค้านว่าทำเลไม่เหมาะประจวบกับขณะนั้นผู้ครองนครศรีโคตรบูรณ์ว่างอยู่ อำมาตย์จึงเชิญเจ้าองค์นั้นขึ้นครองนคร โดยมีพระนามว่าพระยาขัติยวงษาราชบุตรมหาฤาไชยไตร-ทศฤาเดชเชษฐบุรี ศรีโคตรบูรณ์หลวง ได้ซ่อมแซมบ้านเมือง วัด จนถึง พ.ศ. ๒๒๙๗ จึงพิราลัย เจ้า เอวก่านโอรสขึ้นครองนครแทน มีพระนามว่า พระบรมราชา พระบรมราชาครองนครโคตรบูรณ์ได้ ๒๔ ปี จึงพิราลัย เมื่อ พ.ศ. ๒๓๒๑ ท้าวคำสิงห์ ราชบุตรเขยพระบรมราชาได้นำเครื่องบรรณาการไปถวายพระเจ้าเวียงจันทน์ พระเจ้าเวียงจันทน์โปรดให้ท้าวคำสิงห์ครองเมืองโคตรบูรณ์แทนพระบรมราชา และมีพระนามว่า พระนครานุรักษ์ ผู้ครองนครนี้เห็นเมืองศรีโคตรบูรณ์ มิได้ตั้งอยู่ที่ปากน้ำหินบูรณ์อย่างเก่าก่อน (คือขณะนี้ตั้งอยู่ที่เมืองเก่าใต้เมืองท่าแขกปัจจุบัน) จึงให้เปลี่ยนชื่อเมืองเสียใหม่ เรียกว่าเมืองมรุกขะนคร นามเมืองศรีโครตบูรณ์จึงเลือนหายไปตั้งแต่นั้น

ในการที่ท้าวคำสิงห์ได้ครองเมืองโคตรบูรณ์ครั้งนั้น ท้าวกู่แก้ว โอรสพระบรมราชาซึ่งไปถวายตัวเป็นมหาดเล็กอยู่กับเจ้านครจำปาศักดิ์ตั้งแต่ชนมายุได้ ๑๕ ชันษา ทราบว่าท้าวคำสิงห์ได้ครองนครแทนบิดาก็ไม่พอใจ จึงทูลลาเจ้านครจำปาศักดิ์ขึ้นมาเกลี้ยกล่อมราษฎรได้กำลังคนเป็นอันมาก แล้วสร้างเมืองขึ้นที่บ้านแก้งเหล็ก ริมห้วยน้ำยม เรียกว่าเมืองมหาชัยกอบแก้วตั้งแข็งเมืองอยู่ พระนครานุ-รักษ์ (คำสิงห์) ทราบจึงไปขอกำลังจากกรุงศรีสัตนาคนหุต (เวียงจันทน์) แต่ไม่ได้จึงไปขอจากเมืองญวนได้มา ๖,๐๐๐ คน แล้วจัดให้พลญวนพักอยู่ที่เมืองคำเกิด เพราะเกรงว่าท้าวกู่แก้วจะรู้ตัว ในระหว่างที่พระนครานุรักษ์เตรียมไพร่พลจะไปสมทบกับญวนนั้น ท้าวกู่แก้วทราบก่อนจึงยกไพร่พล ๔,๐๐๐ คน คุมเครื่องบรรณาการไปหาแม่ทัพญวนที่เมืองคำเกิดโดยแอบอ้างว่าเป็นเจ้าเมืองมรุกขะนคร ฝ่ายญวนหลงเชื่อจึงสมทบไปตีเมืองมรุกขะนครแตก พระนครานุรักษ์จึงพาครอบครัวหนีข้ามแม่น้ำโขงไปอยู่ที่ดงเซกาฝั่งขวาแม่น้ำโขงแล้วแต่งคนไปขอกำลังจากเวียงจันทน์อีกครั้งหนึ่ง พระเจ้าเวียงจันทน์ให้พระยาเชียงสาเป็นแม่ทัพมาช่วยโดยตั้งค่ายอยู่ที่บ้านหนองจันทน์ (ใต้เมืองนครพนมปัจจุบัน ๔ กิโลเมตร) ฝ่ายหนึ่งตั้งอยู่ที่บ้านธาตุน้อยศรีบุญเรืองอีกค่ายหนึ่ง แล้วจัดไพร่พลทั้งสองค่ายกระจายเป็นปีกกาโอบถึงกันเพื่อจะโจมตีเมืองมรุกขะนคร ซึ่งอยู่ฝั่งตรงกันข้าม (เมืองเก่าใต้เมืองท่าแขกปัจจุบัน) ฝ่ายทัพญวนซึ่งตั้งอยู่ฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงจัดทำสะพานเป็นแพลูกบวบจะยกข้ามแม่น้ำโขงมาโจมตีทัพ พระยาเชียงสา ฝ่ายพระยาเชียงสาใช้ปืนยิงตัดสะพานแพบวบขาด แล้วยกกำลังเข้าสู้รบกับญวนกลางแม่น้ำโขงถึงตะลุมบอน พระยาเชียงสาได้ชัยชนะฆ่าญวนตายเป็นจำนวนมาก ศพลอยไปติดเกาะ เกาะนี้จึงได้ชื่อเรียกกันต่อ ๆ มาว่า “ดอนแกวกอง”  มาจนทุกวันนี้ พระยาเชียงสาได้เกลี้ยกล่อมท้าวกู่แก้วให้   ยินยอมแล้วให้ท้าวกู่แก้ว ครองเมืองนครมรุกขะนครต่อไป ส่วนพระนครานุรักษ์นั้น พระยาเชียงสานำไป เวียงจันทร์ด้วยและให้ครองเมืองใหม่ซึ่งอยู่ที่บ้านเวินทราย